Hierarchická navigace (též stromová navigace) vychází z principu větvení struktury webu na nižší kategorie. Uživatel postupně prochází stromem shora dolů a v každém uzlu vybírá nejvhodnější podkategorii. Ze své podstaty se hierarchická navigace používá zejména na velmi rozsáhlých webech.
Hierarchická navigace se hodí zejména pro katalogově uspořádaná data, v takovém případě jde o klasický seznam odkazů na další podkategorie. Po hierarchické navigaci také sáhnete, je-li třeba uživateli upřesnit volbu na základě sady postupných otázek, typickým příkladem může být nápověda. Další častou podobou hierarchické navigace může být uzlové stromové menu, setkáte se s ním třeba v rozsáhlých internetových obchodech.
Největší výhodou hierarchické navigace je její intuitivnost a srozumitelnost (zejména je-li ještě doplněna drobečkovou navigací). Naopak nevýhodami mohou být problémy s umístěním stránky ve více větvích hierarchie, větší časová náročnost procházení hierarchické navigace a obtížnější přeskakování mezi větvemi. Tyto nevýhody však lze poměrně snadno kompenzovat přidáním dalších typů navigace, zejména navigace hlavní, kontextové a fulltextového vyhledávání.